Das genaue Gründungsjahr der Stadt Zwiesel liegt im Dunkel der Geschichte verborgen. Eine erste Erwähnung des Ortes findet sich in der Besitzaufstellung des Abtes Hermann von Niederaltaich aus dem Jahr 1254: "Zwisl, Dorf, unbewohnt, mit Wiese". Zuvor schon haben frühe Goldwäscher während vorübergehender Aufenthalte Abraumhügel im Stadtgebiet und in der näheren Umgebung hinterlassen.
Der Ort entstand als Rast- und Handelsplatz für die Säumerzüge am uralten Handelsweg von der Donau nach Böhmen, der bereits für das 6. Jahrhundert nachgewiesen ist, tatsächlich aber sehr viel älter sein dürfte.
Das Wort "Zwisel" bedeutet mittelhochdeutsch Gabel und bezieht sich sowohl auf den Zusammenfluß von Großem und Kleinem Regen als auch auf das Zusammentreffen des uralten Baierweges mit dem Guntherweg.
Im Jahr 1295 wird erstmals die "Mauth" in Zwiesel, von Rinchnach-Klessing hierher verlegt, erwähnt. Das Zollrecht stand in enger Verbindung mit dem Marktrecht und so wird Zwiesel 1312 erstmals als "Markt" bezeichnet und mit einem eigenen Richter für die Marktflur ausgestattet.
Grundherren waren erst das Kloster Niederaltaich, dann die Freiherren von Degenberg und nach deren Aussterben im Jahr 1602, das Haus Wittelsbach.
Kaiser Ludwig der Bayer und Niederaltaich gewährten den Bewohnern des Raumes Zwiesel 1342/1345 Steuerfreiheit, sowie kostenlose und unbegrenzte Waldnutzungsrechte. Die "ewige" Steuerfreiheit wurde 1808 von Montgelas aufgehoben und auch die Forstrechte sind heute fast gänzlich abgelöst.
Hussiten, Schweden und Panduren, dann Pest und Pocken brachten dem Markt Zwiesel Not und Verderben. Für die Bedeutung des Ortes innerhalb „Alt-Baierns“ spricht das Wappen, das Herzog Albrecht V. von Hofmaler Hans Mielich entwerfen ließ und am 11. September 1560 dem Markt verlieh. Es gilt in Fachkreisen als eines der schönsten Markt-Wappen.
Zwiesel entwickelte sich zu einem lebhaften und wohlhabenden Handelsplatz. Die Säumer brachten Salz und andere Waren, die sie niederlegen und zum Kauf anbieten mußten. Zwiesel war auch Handelszentrum für böhmischen Hopfen, der bis nach München geliefert wurde.
Jeder Marktbürger, sofern er nicht Metzger war, hatte das Recht im "Kommonbräuhaus" Bier zu brauen und in seinem Haus auszuschenken.
1753 wurde Zwiesel Sitz des ersten staatlichen Waldforstmeisters Carl von Heppe. Bedeutender Wirtschaftsfaktor wurde das Holz nach Einrichtung des Forstamtes Zwiesel im Jahr 1789. Es wurde 1997 Dienststelle der Nationalparkverwaltung Bayerischer Wald und am 7. Oktober 2002 nach Grafenau verlegt.
Im 20. Jahrhundert entwickelte sich die Stadt zum bedeutenden Schul- und Fachschulort der Region. Durch Prinzregent Luitpold von Bayern 1904 zur Stadt erhoben, stieg Zwiesel in der Folgezeit zu einem wirtschaftlichen und kulturellen Zentrum des mittleren Bayerischen Waldes auf.
Im Jahre 1929 wurde die junge Stadt von einer schweren Unwetterkatastrophe heimgesucht. Innerhalb weniger Minuten richtete ein Gewittersturm verheerenden Schaden an. Auch der 2. Weltkrieg ging an Zwiesel nicht spurlos vorüber. Kurz vor Kriegsende, am 20.04.1945, bombardierten alliierte Flugzeuge Zwiesel. Zahlreiche Todesopfer waren zu beklagen.
Im Zuge der Gemeindegebietsreform wurde 1971 das Dorf Klautzenbach zur Stadt Zwiesel eingemeindet. 1978 folgten Bärnzell und Rabenstein.
Ein Meilenstein der jüngeren Stadtgeschichte ist der Bau der Umgehungsstraße im Jahr 1985. Damit konnte ein erster entscheidender Schritt zu einer innerstädtischen Verkehrsberuhigung verwirklicht werden. Marksteine einer modernen Stadtentwicklung sind die Neugestaltung der Angervorstadt sowie die Erweiterung und Sanierung von Glasfachschule, Zwieseler Erholungsbad und Grundschule.
Im Jahr 2007 beherbergte die Stadt in den Räumen der ehemaligen Mädchenschule die Bayerische Landesausstellung "Bayern - Böhmen: 1500 Jahre Nachbarschaft".
Seit 2011 trägt ein Passagier-Flugzeug der Lufthansa City Line den Namen Zwiesel in die Metropolen Europas.
Nach Ingeborg Seyfert, ehemals Kreisarchivpflegerin für den Altlandkreis Regen